激光共聚焦显微镜有奥林巴斯光学扫描仪。通过将采用电磁感应MEMS谐振扫描仪的X轴与采用Galvano扫描振镜的Y轴相结合，能够让X-Y扫描仪定位于相对物镜瞳镜共轭的位置，因而能够实现具有较低扫描轨迹失真和较小光学像差的X-Y扫描。
激光共聚焦显微镜高度测量原理

在测量高度时，显微镜通过自动移动焦点位置获取多个共焦图像。根据非连续的焦点位置（Z）和检测光强度（I）可以估算每个像素的光强变化曲线（I-Z曲线），并获得其峰值位置和峰值强度。由于所有像素的峰值位置与样品表面的不规则性相对应，因此可以获得样品表面的3D形状信息。与此类似，通过峰值强度数据可以获得针对样品表面所有位置焦点的图像（扩展图像）